Компания была основана шотландцем Джоном Уокером (1805—1857), которого часто звали Джонни, отсюда и название марки. Отец Джона умер рано, оставив жене и сыну бакалейную лавку в городке Килмарнок. Юный Джон успешно купажировал чай, его смеси пользовались популярностью. В 1856 году в бизнес пришел сын Джона, Александр. Он начал экспериментировать с купажированием односолодовых виски. Когда Джонни Уокер умер, Александр Уокер получил в наследство процветающий бакалейный магазин.

В 1867 году он создал свой купажированный виски «Old Highland», который быстро завоевал популярность. После смерти Александра фирма перешла в руки его сыновей — Джорджа Паттерсона Уокера и Александра Уокера. Именно они приобрели в 1893 году первую вискокурню для «Джонни Уокера» — ферму Карду (Cardhu). Эта покупка стала началом мощного подъёма семейного предприятия Уокеров, и благодаря ей купажирование виски «Джонни Уокер» поднялось на новый качественный уровень. В 1909 году фирма решила заменить свои две основные марки — «Johnnie Walker Very Special Old Highland Whisky» и «Extra Special Old Highland Whisky». В результате появились виски «Johnnie Walker Red Label» и «Johnnie Walker Black Label».

Красная и чёрная этикетки быстро завоевали популярность: к 1920 году «Johnnie Walker» уже продавался в 120 странах мира.

Сегодня компания принадлежит алкогольному гиганту Diageo.