Основана в 1634 году монахами ордена Минимы (немецкое название ордена — Paulaner (Пауланер)). Немецкое название ордена происходит от имени его основателя, Франциска из Паолы. Его изображение находится на логотипе Пауланера. Первоначально монахи варили пиво лишь для собственных нужд, однако в праздничные дни они продавали Бок-бир, которое вскоре стало пользоваться достаточно широкой локальной популярностью. В 1806 году пивовар Франц Ксавер Захерль приобрел бывшую монастырскую пивоварню и продолжил варение тёмного крепкого пива под названием Salvator. В 1861 году был открыт пивной подвал под названием Salvator Keller на горе Нокхерберг.

В 1928 году пивоварня слилась с Gebrüder Thomas Bierbrauerei и стала называться Paulaner Salvator Thomas Bräu. В 1994 году форма собственности была изменена и пивоварня стала называться Paulaner Brauerei AG, однако уже в 1999 году вновь сменила форму собственности и стала называться Paulaner GmbH und Co. KG.